Los objetivos del Congreso de Investigación son:

• Estimular y fortalecer la investigación acerca de la sociedad civil en México.
• Crear vínculos para el conocimiento entre la academia y las organizaciones de la sociedad civil.
• Identificar temas  importantes para crear una agenda de investigación sobre la sociedad civil en México.
• Promover la difusión de la investigación que se realiza en México sobre el tercer sector.
• Estimular la formación de redes, coaliciones e investigaciones conjuntas a nivel nacional e internacional.
• Impulsar el estudio de procesos de construcción de ciudadanía, así como la investigación especializada sobre la cultura de rendición de cuentas.