A lo largo de su historia, Cemefi ha establecido fuertes vínculos con el mundo académico y las instituciones educativas de nivel superior, realizando numerosos proyectos con universidades y otros centros de estudios. Entre las iniciativas más destacadas están el Congreso de Investigación sobre el Tercer Sector y la Red Universitaria para la Prevención y Atención de Desastres (Unired).
Congreso de Investigación sobre el Tercer Sector
Este proyecto funciona como punto de encuentro entre académicos y miembros de organizaciones de la sociedad civil que buscan impulsar la reflexión e investigación sobre el tercer sector con el objetivo de enriquecer el conocimiento sobre la las instituciones no lucrativas y su ámbito de acción.